El primer pilar para la creación de la Facultad de Ciencias Forestales en la UNAP constituye la Escuela de Peritos Forestales con una duración académica de tres años; en esta Escuela se formaban técnicos forestales.

Posteriormente, por gestión directa de la Universidad ante el Consejo Nacional de la Universidad Peruana (CONUP), en 1971, se crea el Programa Académico de Agronomía bajo la dirección del Programa de Agronomía y Forestales.

El año de 1975, se crea el Departamento Académico de Ingeniería Forestal.

La Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, con fecha 1 de mayo de 1984 promulgó su Estatuto General, considerando nueve facultades académicas, estando dentro de ellas la Facultad de Ingeniería Forestal.

En la actualidad, esta Facultad es una Unidad Académica de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, y está ubicada a la vanguardia del conocimiento científico, la misma que establece una sólida base para el desarrollo y la formación del Ingeniero Forestal y del Ingeniero en Ecología de Bosques Tropicales.

Mediante Resolución Rectoral 019-2005-CU-UNAP del 4 de julio de 2005, se cambió la denominación de la Facultad de Ingeniería Forestal por la de FACULTAD DE CIENCIAS FORESTALES.